近20年來，自閉症發生率在全球各地都快速增加，雖然眾多科學家仍持續研究造成自閉症的真正原因，但至今仍沒有直接證據，也未有定論，僅為假設居多，其中最受關注的就屬「推論接種麻疹、德國麻疹與腮腺炎混合疫苗(MMR)及含汞疫苗會引起自閉症」，但這是真的嗎?
自閉症於1940年代首先被提出，其病徵在生理上並不明顯，需藉由完整的身體與神經狀況來評估，一般認定在3歲以前出現社會互動、言語及溝通方面之發展遲緩者，才能確診；目前患者僅能透過特殊教育等方式，協助其改善社交能力，現有醫療科技尚無法完全根治。在找出自閉症成因的漫長過程當中，包括遺傳、荷爾蒙、細菌或病毒感染、免疫系統失常及環境因素等，都是探討的範疇，但是引來最多撻伐之聲的，大多與疫苗的預防接種有關。
早在1988年，有學者提出自閉症可能和注射MMR疫苗有關，雖然有人質疑此研究的可信性，但已導致眾多父母的憂心，且深印在一般人的腦中。其後經數十個研究先後進行與分析，至2005年，有超過30項針對自閉症與MMR疫苗的調查結果，皆無法直接證明注射MMR疫苗會造成自閉症。
此外，也有學者因為水銀(甲基汞)中毒的病徵，與自閉症有許多相似之處，而提出含硫柳汞(乙基汞)疫苗可能和自閉症有關的看法，更有超過上千篇的研究支持此項說法；即使衛生單位認為，目前並無證據直接證實，含汞疫苗與自閉症發生率的攀升有關，但是來自大眾與民間團體不斷的憂慮、關切與壓力，美國政府在1999年提出預防性建議，正式要求製造廠，停止使用硫柳汞作為疫苗的保存劑。在歐洲丹麥，更早在1992年即停止使用含汞疫苗。但是最近新出爐的調查發現，越來越多的證據顯示，含汞疫苗與自閉症並無關聯，例如有研究分析美國加州從1995到2007年的兒童病例後，發現自閉症的病例數，並未因為在2001年將近一半左右含汞疫苗的下市而下降，反而呈現持續上升的趨勢，這與丹麥在1992年停用含汞疫苗後，自閉症發生率不跌反昇的現象一樣。
因此，依據目前的研究結果顯示，自閉症的真正成因仍然還是一個謎，不論是MMR疫苗，或其他如流行性感冒疫苗等含微量汞之疫苗，皆不應與自閉症畫上等號。疫苗是二十世紀以來公共衛生領域最大的成就，更是圍堵白喉、百日咳、水痘等高傳染力、高致死率疾病的利器，也是使天花病毒從地球根絕的功臣，接種疫苗可以降低罹病率、維護生命健康、減少醫療支出，並節省社會成本，民眾不需過度憂慮，或因擔心未經證實的推論而拒絕施打。
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